甲状腺疾病种类较多，其中不少甲状腺病都与自身免疫有关，自身免疫性甲状腺疾病包括Graves病、慢性淋巴细胞性甲状腺炎和产后甲状腺炎等，是机体免疫系统对甲状腺组织发生了免疫应答所致，是遗传因素和环境因素相互作用的结果。
目前有不少研究表明硒有助于降低甲状腺自身抗体水平，从而达到预防和延缓甲状腺自身损害的作用。硒是人体必需微量元素，主要通过含硒蛋白发挥生物学作用。硒参与了多种生命活动的基本代谢过程，如DNA的合成过程就需要含硒蛋白的参与。体内保持适宜的硒有利于维持正常的免疫防御功能、甲状腺功能及生殖功能等。
硒对碘代谢和甲状腺功能主要有以下几方面的影响：
1.抗氧化作用
甲状腺在合成甲状腺激素过程中会产生大量的过氧化物质，而大量的过氧化物质堆积在甲状腺组织内可造成甲状腺滤泡上皮的损伤，引起诸如桥本氏甲状腺炎等疾病。硒是人体组织中的抗氧化剂，可以清除甲状腺激素合成过程中产生的过多过氧化物质，从而维持甲状腺组织氧化与抗氧化的平衡，保护甲状腺细胞免受氧化应激损伤。
2.参与甲状腺激素合成
甲状腺激素主要分为甲状腺素(T4)和三碘甲状腺原氨酸(T3)。其中T4不具有激素活性，只有通过脱碘酶的作用形成T3，而T3具有很高的激素活性，是发挥甲状腺激素作用的主要的激素。硒参与脱碘酶T4转化为T3的过程，缺硒可导致脱碘酶的活性降低，T4转化为T3减少，血中T4增高，T3降低，影响甲状腺功能发挥。
3.硒与甲状腺自身免疫
近年来，甲状腺疾病的发病率逐年升高，这不仅与环境、精神压力、饮食结构等因素有关，免疫紊乱也在其中扮演重要角色。硒在免疫系统中具有特殊的地位，硒能有效地提高机体的免疫功能。当低硒引起的免疫紊乱，以细胞因子介导的体液免疫为主时，产生大量甲状腺刺激性抗体，促进甲状腺激素合成，导致甲亢发生;而当以细胞因子介导的细胞免疫为主时，引起甲状腺组织淋巴细胞浸润，释放细胞因子并产生大量氧自由基，破坏甲状腺滤泡细胞，表现为甲状腺功能减退。
硒缺乏可导致许多甲状腺疾病，主要有地方性甲状腺肿、小儿先天性甲状腺功能低下、桥本氏甲状腺肿、甲状腺功能亢进等。另外，流行病学证据表明，硒的摄入量与癌症发病率呈负相关，即摄入一定量的硒可降低癌症发生率。有学者研究发现，正常人群的甲状腺组织中含硒量高，而甲状腺癌患者的甲状腺组织中硒含量较低，甚至低于其他甲状腺疾病患者。
鉴于大多数研究都发现，甲状腺疾病患者血清硒水平显著低于健康人群，因此甲状腺疾病患者可在医生指导下适量补硒。但注意，补硒需要掌握好补硒时机和剂量，避免摄入量过多，对人体造成伤害。
另外，含硒丰富的食物有肉类，尤其是动物的肝、肾，以及海产品、谷物、蘑菇、洋葱、大蒜、芦笋等制品，蛋类、金枪鱼及牡蛎等含硒也很丰富。在满足营养需要的情况下，每日补充200微克左右硒为宜。